Khoa Kinh Tế hiện nay được tổ chức thành bốn Bộ môn chuyên môn, bao gồm: (1) Bộ môn Kinh tế Phát triển, (2) Bộ môn Kinh tế Nông nghiệp Tài nguyên và Môi trường, (3) Bộ môn Quản trị Kinh doanh, và (4) Bộ môn Kế toán – Tài chính,

• Bộ môn Kinh tế Phát triển chịu trách nhiệm giảng dạy khối kiến thức cơ bản về Kinh tế học cho tất cả các ngành đào tạo của khoa và quản lý chương trình đào tạo bậc đại học ngành Phát triển Nông thôn. Trong tương lai, bộ môn sẽ xây dựng và phát triển thêm các chuyên ngành đào tạo thuộc lĩnh vực kinh tế học như Kinh tế phát triển, Kinh tế quốc tế, ….
  
  
• Bộ môn Kinh tế Nông nghiệp, Tài nguyên và Môi trường là bộ môn lâu đời nhất của Khoa Kinh tế, từ những ngày đầu thành lập khoa (1978). Bộ môn chịu trách nhiệm quản lý 04 chương trình đào tạo bậc đại học của khoa là: (1) Kinh tế Nông nghiệp, (2) Kinh tế Tài nguyên môi trường, (3) Kinh doanh Nông nghiệp, và (4) Kinh tế nông nghiệp (Chương trình nâng cao).
  
  
• Bộ môn Quản trị Kinh doanh hiện là bộ môn có đông giảng viên và sinh viên nhất của khoa, chịu trách nhiệm quản lý các chương trình đào tạo thuộc ngành Quản trị Kinh Doanh, cụ thể là (1) Quản trị Kinh doanh tổng hợp, (2) Quản trị Kinh doanh thương mạị, (3) Quản trị Tài chính, và (4) Quản trị Kinh doanh (Chương trình nâng cao).
  
  
• Bộ môn Kế toán – Tài chính hiện đảm nhận công tác quản lý và đào tạo chương trình cử nhân Kế toán của khoa. Trong tương lai, bộ môn có kế hoạch phát triển thêm các chương trình thuộc lĩnh vực Kế toán – Tài chính như Tài chính – Ngân hàng, Kiểm toán.